Die Falkensteinschule ist eine Gemeinschaftsgrundschule, in der evangelischer und katholischer Religionsunterricht fester Bestandteil des Lehrplans ist. Viermal jährlich finden ökumenische Schulgottesdienste statt, zur Einschulung, vor den Weihnachtsferien, vor den Osterferien und vor den Sommerferien.
Alle vierzehn Tage besuchen die katholischen Kinder der dritten und vierten Schuljahre in Begleitung einer Lehrerin die Messe in der benachbarten Marienkirche. Für die evangelischen Kinder ist in dieser Zeit eine evangelische Kontaktstunde, die von Mitarbeitern der Lutherkirchengemeinde in der Schule gestaltet wird.
Die Feste anderer Religionsgemeinschaften werden bei der Unterrichtsplanung berücksichtigt.